  |
Curs 2011-2012
Novetats
- Dilluns 06/02/2012: Ja han sortit les notes finals de l'assignatura pels dos itineraris. Si voleu venir a revisió d'examen o dels treballs, degut a la gran quantitat de material que tinc que preparar per cada un de vosaltres, envieu-me abans un mail: la revisió serà el proper 9 de febrer, de les 15:30 a les 18:30, a l'aula QC-1038.
- Divendres 03/02/2012: Es confirma que l'examen (hi hauran preguntes de les pràctiques, mireu els exàmens d'anys anteriors) de l'itinerari Chicago queda fixat per avui 3 de febrer, a les 15:30, a l'aula Q4/1013.
- Dilluns 16/01/2012: les actes individuals les podeu pujar conjuntament al PSG o bé enviar-les individualment a la meva adreca de correu.
- Dimarts 10/01/2012: Teniu present que el treball, les actes de reunió de grup i les actes individuals s'han de pujar al PSG abans del 19 de Gener.
- Dilluns 09/01/2012: Trobareu aquí la plantilla per la presentació en públic del treball i de la demo (fins 2 punts): claredat 30%; continguts visuals 30%; torn preguntes: 10%; temps utilitzat 10%; co-avaluació grups 20%. Recordeu que teniu 15 minuts màxim, l'ordre de presentació serà aleatori, per lo que heu de venir al principi de la classe. Recordeu també que haureu d'omplir un qüestionari per avaluar les altres presentacions.
- Divendres 23/12/2011: Trobareu en aquest document les vostres notes actualitzades (assistències i examen parcial). Si voleu fer revisió, envieu-me un mail per assignar-vos una estona en les meves hores de tutoria. També trobareu en aquest document el control d'assistència actualitzat, així com el dia de la presentació en públic del vostre treball. Que passeu uns bons Nadals!
- Dilluns 12/12/2011: Per l'examen d'aquest dimecres, us fico un exemple de tema a desenvolupar ("Potencial en repòs i la Bomba Na-K.") i de pregunta curta ("Què és el potencial en repòs?").
- Dimarts 15/11/2011: El laboratori de la UPIIA es troba a l'aula Q5/1012.
- Dijous 27/10/2011: voldria puntualitzar 3 temes:
- Per obtenir el mig punt per assistència a classes de teoria, cal venir a 4 sessions durant tot el curs. També comptaran els dos seminaris que es faran el 16 i 23 de Novembre.
- A la propera (primera) sessió de control cal que vingui com a mínim un representant per grup i tractarà de:
- (i) preguntar-vos el tema finalment escollit (que pot canviar del què inicialment havieu proposat, però que no pot ser el mateix que el de cap altre grup);
- (ii) entregar-me les actes de reunions de grup fins aquell dia (encara que a les reunions no hi vagin tots els components, indiqueu qui assisteix); i
- (iii) ensenyar-me links, codi i altre material que hagueu trobat que facin referència al tema què heu escollit.
- En les 4 entregues al PSG, cal pujar:
- 4 de Novembre: les actes de runions de grup (amb el tema finalment escollit).
- 1 i 22 de Desembre: les actes de runions de grup i el treball en format pdf (inacabat, tal i com el tingueu fins aquests dies límit d'entrega).
- 19 de Gener: les actes de runions de grup, el treball final en format pdf, els portfolios inviduals per l'auto- i co-avaluació dels companys de grup i la presentació en format ppt.
- Dimecres 26/10/2011: la setmana del 7 de Novembre no hi hauran classes de Bioinformàtica degut a l'organització del International Conference in Computer Vision (ICCV2011) a Barcelona.
- Dimarts 25/10/2011: ahir 24 d'octubre va morir John McCarthy, un dels pares de la Intel.ligència Artificial.
- Ell va organitzar conjuntament amb Marvin Minsky, Claude Shannon i Nathan Rochester la conferència de Dartmouth l'any 1956 que es considera el naixement d'aquesta àrea de recerca. De fet, va ser ell qui va encunyar aquest nom en la proposta.
- Us deixo un enllaç amb la proposta d'agost de 1955 d'organitzar la confèrencia de Darmouth l'any seguent.
- Dilluns 24/10/2011: ja podeu consultar els treballs que teniu assignats, així com el full d'assistència. Els alumnes que apareixen en lletra negreta son els responsables de grup.
[ Horaris ] [ Consultes ] [ Objectius ] [
Avaluació ] [ Temari ] [ Bibliografia ] [ Apunts] [ Pràctiques ] [ Problemes] [ Treballs ] [ Exàmens] [ Notes ]
|
|
Crèdits |
Aula i Horari |
|||
|
Teoria |
3.0 |
|
|||
|
Problemes |
1.5 |
|
|||
|
Tutories
|
1.5 |
|
|||
|
Pràctiques |
1.0 |
Laboratori UPIIA - Q5/1012 (veure secció pràctiques) |
|
|
Professor |
Despatx i Horaris
|
E-mail |
||||||
|
Teoria Tutories
|
Jordi Gonzàlez |
|
|||||||
|
Problemes
|
Marc Serra |
|
|||||||
|
Pràctiques |
Bhaskar Chakraborty Jordi Gonzàlez Marco Pedersoli Marc Serra
|
|
|
El concepte de bioinformàtica neix de la unió de dues carreres científiques diferents: biologia i informàtica. Tot i la seva aparent divergència, des de mitjans del segle XX es va començar a percebre que ambdues ciències tenien un subjecte fonamental i comú: la informació i el seu procés. Així, al llarg dels anys la intersecció entre biologia i informàtica ha donat peu a l’aparició de dues disciplines complementàries.
Els
sistemes bioinspirats corresponen a aquell seguit de tècniques
inspirades en el procés d’informació que fan els
éssers vius i que s’implementen sobre ordinadors moderns per
solucionar problemes i processar informació (e.g. xarxes neurals,
algorismes genètics, etc.). D’altra banda, la biologia computacional
consisteix en l’aplicació de tècniques computacionals per
modelar sistemes vius o extraure’n informació, i està
prenent una creixent rellevància amb l’eclosió de les noves
tècniques de biologia molecular i de la biotecnologia.
Els estudis del funcionament del cervell han donat lloc a una nova
concepció de procés d’informació que, encara que va
ser desenvolupada als anys 50 i
L'objectiu d'aquest curs és donar les bases teòriques i pràctiques suficients per a poder entendre i aplicar les xarxes neurals a problemes reals d'enginyeria que es podrien resoldre eficientment amb la seva utilització. Per tant, veurem el funcionament i la aplicació dels models de xarxes neurals més utilitzats actualment.
El curs es completarà amb algunes xerrades sobre temes de recerca i aplicacions relacionades amb les xarxes neurals. També es donaran seminaris sobre temes de Bioinformàtica, aprofundint en els aspectes del sistema genètic, el sistema nerviós i el sistema visual humà.
Links interessants sobre la biotecnologia com a sortida professional:
- Els millors treballs pel 2018
- Las profesiones mejor pagadas
- Los trabajos mas buscados y mejor pagados
- Las carreras del futuro
- Itinerari Chicago:
Examen de Teoria (1a conv., Febrer) = 30/40 Preguntes Test dels apunts de teoria
Examen de Teoria (2a conv., Juliol) = 15/20 Preguntes Test i 2/3 Temes o Problemes
Nota final = 0.7 * Nota teoria + 0.3 * Nota pràctiques
Notes mínimes: Teoria = 5 i Pràctiques = 5
Pràctiques obligatòries per aprovar: SI
- Itinerari Bolognia:
- Nota individual (fins 3.5 punts):
- Examen parcial de la teoria de les 26 primeres pàgines dels apunts de teoria) pel dimecres 14 de Desembre del 2011. L'examen (NO serà tipus test!) comptarà fins a 3 punts i és obligatori fer-lo en aquest itinerari:
- contestar breument 4 preguntes sobre definicions de conceptes (fins 2 punts); i
- desenvolupar 1 tema sobre 3 possibles en 2 pàgines màxim (fins 1 punt).
- Assistència a les classes de teoria (fins 0.5 punt): aleatòriament al final d'algunes classes de teoria se us preguntarà sobre alguns conceptes vistos aquell mateix dia.
- Treball de grup sobre un camp d'aplicació basada en xarxes neurals: (fins 7.5 punts)
- Memòria del treball (fins 4 punts): índex i continguts 40%; aplicació informàtica 40%; figures i taules 10%; estat de l'art i referències 10%. Cal enviar per mail la memòria en PDF i una demo de l'aplicació com a molt tard el dia 19 de Gener. Les hores de tutoria dels dimarts s'utilitzaran per les reunions de grup.
- Presentació en públic del treball i de la demo (fins 2 punts): claredat 30%; continguts visuals 30%; torn preguntes: 10%; temps utilitzat 10%; co-avaluació grups 20%. Presentacions els dimecres 11 i 18 de Gener del 2012.
- Auto-avaluació i co-avaluació dels companys de grup (fins 1 punt): exemple de portfolio invidual per l'auto- i co-avaluació.
- Assistència a les sessions de control (fins 0.5 punt):
- entrega de les actes de reunions de grups i presentació molt breu en públic del treball fet fins llavors amb: (i) els objectius inicials i canvis en la planificació; (ii) les tasques passades assignades i ja fetes; (iii) previsions i planificacions de tasques futures; i (iv) el temps de dedicació de cada integrant.
- Les 3 sessions (primera per la definició d'objectius i les altres pel seguiment) seran els dimecres 2 i 30 de Novembre i 21 de Desembre del 2011. Exemple d'acta de les reunions del grup.
- Nota mínima: 5 (obligatori per aprovar).
1. Introducció a la
bioinformàtica
o Què aporta la informàtica a la biomedecina com a ciència ?
o Què aporta la informàtica a
la biomedecina com a tecnologia ?
o Què aporta la biomedecina a la
informàtica ?
2.
Biologia computacional: la nova bioinformàtica
o Éssers vius i processament
d’informació
o El dogma central de la biologia:
transcripció i traducció
o Regulació genètica
o Bioinformàtica: genòmica i
proteòmica
o Alineament de seqüències:
problemàtica i aproximacions
3.
El sistema nerviós i el cervell humà
o Introducció al cervell humà .
o Les neurones .
o La Bomba Sodi-Potassi .
4.
Fonaments
de xarxes neurals
o Models neuronal.
o Xarxes neurals (artificials).
o Models de xarxes neurals més
utilitzats.
o Xarxes de McCulloch-Pitts.
o Caracterització d'una xarxa neural.
o Algorisme d'aprenentatge de Hebb.
5.
Perceptrons
o El Perceptron.
o Algorisme d'aprenentatge del Perceptron.
o Algorisme d'aprenentatge de l'Adaline
(LMS).
o Teorema de convergència del Perceptron.
o Aspectes pràctics.
o Introducció.
o Senyal de sortida i error.
o Regla delta generalitzada.
o Algorisme Backpropagation.
o Notes i Eleccions.
o Aplicacions.
o Problemes i Variacions.
o Introducció.
o Maxnet.
o El barret mexicà.
o Xarxa competitiva bàsica.
o Xarxes de Kohonen.
o Introducció.
o Xarxes de Hopfield.
9.
Xarxes
RBF
o Introducció.
o Arquitectura.
o Algorisme simple.
o RBF Vs. MLP(BP).
10.
Xarxes ART:
Adaptive Resonance Theory
o Introducció.
o Arquitectura.
o Algorisme.
Apunts de teoria (pdf, 1.4 Mb)
Dimecres, 21 de Setembre: Què és la Bioinformàtica
Dimecres, 28 de Setembre: El sistema nerviós i el cervell humà
- Por qué nos engaña el cerebro
- El cerebro no busca la verdad sino sobrevivir
- El potencial d'acció
- La bomba sodi-potasi
Dijous, 29 de Setembre: Models de xarxes neurals
- La ciència de la ment
- El memristor
- La formació de les xarxes neuronals
- El futur de la IA
- El futur bioinspirat d'internet (18 minuts)
- El futur i la singularitat tecnologica (25 minuts)
Dimecres, 5 d'Octubre: Xerrada del Mario Huerta de l'Institut de Biotecnologia i Biomedicina
Dimecres, 19 d'Octubre: El Perceptró
- Perceptron Research from the 50's
- Applet de Java amb diferents aprenentatges
- Tutorial del perceptro (en anglès)
Dimecres, 26 d'Octubre: Backpropagation
Dimecres, 16 de Novembre: Xarxes competitives i Xarxes associatives
- Mapes Auto-organitzatius de Kohonen
- Jugadors auto-organitzatius
- Reconeixement d'imatges amb xarxes de Hopfield
- Robot guiat amb xarxes ed Hopfield
Dimecres, 23 de Novembre: Radial Basis Functions i Xarxes ART